腹腔感染的病理生理学机制主要是细菌入侵，或者腹腔、消化道的内容物渗出所引起的各种反应，腹腔内会渗出大量清亮的浆液性物质，用来稀释、吞噬腹腔内的毒素，会使渗出液变成脓液。而严重的腹腔感染，它的治愈或者结局主要取决于患者自身的免疫情况和全身情况，还有造成感染的情况和性质。例如细菌感染，严重者可导致局部脓肿形成，而年轻力壮、抵抗力强者可以使病菌毒力下降，之后局限自我修复而痊愈。老年患者或者重症手术后细菌毒素入血，继发感染性休克，肠管会出现大面积麻痹，血液循环以及气体交换都会受到相应的影响，休克进一步加重，会导致死亡。