发生艾滋病高危时，应用阻断药物是否有效，与应用阻断药物的时间，以及药物的选择都有一定关系。在发生高危情况之后，应用阻断药物的时间越早，有效率越高，原则上是不能超过72小时，实际上是应用的越早越好。如果在两个小时之内应用，阻断率会更高。除了药物，最好是选择两种核苷类反转录酶抑制剂，联合一种整合酶抑制剂，如拉替拉韦或者多替拉韦。如果整合酶抑制剂不可及时，也可以应用蛋白酶抑制剂，或者是非核苷类反转录酶抑制剂。阻断药物目前在各大城市的疾控中心，以及专门治疗艾滋病的医院都有出售。如果这些阻断药物不可及时，也可以根据当地的资源进行选择。
应用阻断药物也不能保证百分之百达到阻断成功，所以在发生高危之后的窗口期之后，可以进行HIV抗体检测。如果HIV抗体检测是阴性结果时，才可以说明是排除HIV病毒感染。通常公认窗口期，是在高危之后的第六周之后，如果第六周之后，检测是阴性结果，如果不放心可以在三个月或者六个月再进行一次复查。如果仍然是阴性结果，就可以完全排除HIV病毒感染。