手足口病一般由于柯萨奇病毒、异位71病毒感染引起的传染性疾病。目前认为没有特效的抗该类病毒的药物，所以临床上治疗一般没有明显的特异性治疗，主要是对症治疗。一般相对来说预后良好，一周左右可以痊愈。
手足口病常用的药物，抗病毒的药物可以选择抗病毒口服液，或者口腔内有疱疹时，局部可以喷干扰素喷剂、干扰素做雾化，一般抗病毒的药物在发病24-48小时内使用效果最佳。
利巴韦林喷剂也可以局部应用于口腔，但是利巴韦林静脉滴注的药物由于不良反应比较大，目前已经停止使用。此外，还可以应用其他的抗病毒的药物，但是目前循证医学认为并没有确切的疗效。