支原体感染常以呼吸道症状咳嗽持续，头孢类药物治疗没有效果，达到7-10天以上为主要的临床表现，病程相对比较久，如果及时口服阿奇霉素或者静脉用阿奇霉素治疗，一般大概在3周左右能好。
但是婴儿期因为器官功能发育不成熟，免疫功能相对较低，可能会出现病程延迟的情况。有的重症支原体感染病程可能会达到4周以上，支原体感染免疫力下降还很容易继发其它病原体感染，比如细菌、病毒等等，也会导致孩子支原体感染后疾病迁延不愈的情况。