扁桃体发炎大多数是由于病毒或者细菌感染等诱发，一般在扁桃体发炎期间，不是特别建议打HPV疫苗。扁桃体发炎期间患者的血液内一般会存在炎症反应，如果这个时候打HPV疫苗，疫苗进入人体之后可能会导致患者出现发热等相关改变，导致患者的症状更加严重。扁桃体发炎的患者可能需要进行治疗，治疗期间可能需要应用咽炎的中成药制剂，还有抗生素等药物，这些药物与HPV疫苗可能会引起反应，影响疫苗的效果，所以不是特别建议在发病期间打HPV疫苗，建议在疾病痊愈之后打疫苗，会比较安全，而且可靠。