非淋球菌性尿道炎是由衣原体、支原体等淋球菌以外的其它病原体所引起的尿道急慢性炎症，因此在治疗上主要是使用抗菌药物来进行，由于这种尿道炎可以通过性接触传播，因此在治疗期间要采取防护措施，避免交叉感染。
临床上治疗非淋菌性尿道炎的药物有三大类，其中以大环内酯类使用最为广泛，常用的有阿奇霉素、红霉素等，儿童和妊娠期的女性均可以使用。此外，环丙沙星、氧氟沙星等喹诺酮类药物，多西环素等四环素类药物，也可以用于非淋菌性尿道炎的治疗。这类性尿道炎经过有效治疗后，如果病人自身感觉症状消失，尿道无分泌物，尿沉渣中无白细胞，细菌凃片无衣原体或支原体，通常表示已经治愈。