患者出现双侧基底节区的腔隙性脑梗死，治疗上首先应该选用阿司匹林、氯吡格雷等药物抗血小板聚集治疗。另外需要口服阿托伐他汀钙或者是瑞舒伐他汀钙等药物，来调脂稳定斑块治疗。
若是急性期脑梗死，还可以采用静脉输注液体治疗，比如活血化瘀的药物，如疏血通、舒血宁等。改善脑代谢的药物，如胞磷胆碱钠、丁苯酞等。
另外要针对患者的基础疾病进行治疗，如血压高的患者应该控制血压，糖尿病的患者应当控制血糖。
饮食上也应该进行调整，做到低盐低脂饮食，多喝水，待病情稳定之后，应适当运动。在没有出血的情况下，阿司匹林、氯吡格雷等药物建议长期口服。另外要做到定期门诊复查，复查血常规、肝肾功、血脂等。