肠胃炎伴有头疼，这种情况需先完善辅助检查，再给予药物治疗，具体如下：
1、完善辅助检查：配合适当检查，应用针对性的药物来进行缓解，最好是到达门诊或者急诊进行综合性的病情评估，结合电解质检查、血常规、大便常规等相关的检查，并注意检查血压，或者结合情况以及是否存在基础病等，应用颅脑CT等其他的检查，明确或者排除其他的疾病。
2、药物治疗：应用布洛芬胶囊、蒙脱石散、双歧杆菌三联活菌胶囊、诺氟沙星胶囊、复方黄连素片等相关药物来进行缓解，但是因为止痛的药物，比如布洛芬胶囊等对于胃肠道的刺激性比较大，需要结合情况，在主治医师的指导下正规服用，千万不要自行治疗。