结膜炎患者应该针对病因进行治疗，以局部给药为主，必要时予以全身药物治疗，急性期时禁止包扎患眼，常用的治疗方式如下：
一、滴眼药水：是治疗结膜炎最根本的给药途径，对于微生物性结膜炎，应该选用敏感的抗细菌或者抗病毒眼药水，必要时可以根据病原体和药敏试验结果选择有效药物进行治疗。
二、眼药膏涂眼：眼药膏可作为眼药水的补充制剂，眼药膏可在夜间发挥持续性的治疗作用。
三、冲洗结膜囊：当结膜囊分泌物较多时，可以给予生理盐水或者硼酸溶液清洗。
四、全身治疗：严重的结膜炎，如淋球菌性结膜炎或者衣原体性结膜炎，还需要全身使用抗生素药物治疗。