乙状结肠冗长手术风险主要是术后的吻合口瘘，以及黏连性肠梗阻。乙状结肠冗长在临床上通常容易导致便秘，从而出现腹痛腹胀的症状。临床对乙状结肠冗长治疗主要是将冗长的乙状结肠切除，然后将降结肠与直肠吻合。
由于乙状结肠腔内有大量的粪便，所以手术以后有可能会出现吻合口瘘。一旦出现吻合口瘘可能会引起腹腔脓肿，甚至细菌进入血液，引起中毒性休克。另外风险就是乙状结肠切除手术创面比较大，手术以后有可能引起肠管的广泛粘连，继发粘连性肠梗阻。