如果是先天性乳糖酶缺乏导致的乳糖不耐受，不会自愈，通常继发性乳糖不耐受经过2-8周就会自愈。
继发性乳糖不耐受，肠道上皮细胞的绒毛经过2-8周得到修复，乳糖酶分泌逐渐恢复正常，恢复快的患者需要2周，恢复慢的患者可能需要2个月。先天乳糖不耐受是由于先天原因导致乳糖酶分泌缺乏或者不足，属于常染色体隐性遗传。我国新生儿乳糖不耐受也是先天的乳糖酶缺乏引起的乳糖不耐受，症状往往与缺乏的量或者活性程度有关，因人而异。一般随着辅食的添加、母乳量减少，腹泻的症状明显缓解。乳糖不耐受主要的症状就是腹泻，每日可以数次到十多次，大部分小孩会有肠道滞气，引起水样便或者泡沫样便。部分小孩也会有腹胀和不同程度的哭闹，排便以后哭闹有所缓解。严重的乳糖不耐受也会导致脱水、酸中毒、生长迟缓等，但是乳糖不耐受是身体性腹泻，没有发热，除非是有感染。乳糖不耐受在临床上要与肠炎、牛奶蛋白过敏、胰腺炎、肠绞痛进行鉴别。
如果乳糖不耐受的患者大便次数不多，且不影响生长发育，则无需特殊的治疗。若腹泻次数多，体重增长缓慢，则需要饮食调整。如果急性期伴脱水，则应首先考虑静脉注射或者是口服液体来纠正脱水，一般先用无乳糖配方乳进行止泻。