假膜性肠炎大多数是由于菌群失调引起的，而且病人大多数会有长期的静脉或口服抗生素的病史，比如长期口服阿莫西林、头孢类的消炎药，超过半个月以上，使肠道内的菌群有一些改变，造成一些条件致病菌过多，形成的一种类型的疾病。
这种假膜性肠炎的治疗首先要停止使用原来的一些抗生素，同时要积极的调整肠道的菌群，多喝一些益生菌类的药物。其次，考虑使用抗真菌的药物进一步治疗。