骨囊肿与骨肿瘤的区别非常大，但有一定的联系。骨肿瘤指发生在骨组织的肿瘤，包括良性肿瘤、恶性肿瘤以及中间性质的肿瘤都属于骨肿瘤。骨囊肿只是骨肿瘤众多分类中非常少的一种分类，骨囊肿是良性肿瘤，经过治疗后能恢复正常状态。但是骨肿瘤就不一定，由于骨肿瘤的性质和分类相当复杂，所以其预后也千差万别。总体来讲，良性骨肿瘤的预后相对较好，但是恶性骨肿瘤的预后相对非常差，恶性度越高对全身影响越大，预后越不好。