卵巢囊肿大多数没有特殊的症状，往往是体检时发现的，如果体检时发现附件区<5cm的无回声囊肿，可以暂时观察，3-6个月以后复查B超。
如果>5cm的囊肿要引起注意，大多数是良性的肿物，比如比较常见的卵巢单纯囊肿、卵巢巧克力囊肿、卵巢囊腺瘤等等，但也有个别是恶性的情况。所以当卵巢囊肿>5cm，而经过观察又没有明显缩小的时候，就要积极的处理。
另外卵巢囊肿也有急腹症的症状，当囊肿突然发生破裂或突然发生扭转的时候，会出现突然的下腹痛，严重的时候会伴有恶心、呕吐、腹胀等消化道的症状，这时就需要急诊处理了。