单纯性霉菌性阴道炎患者可以采用局部用药，也可以全身用药，主要是以局部短疗程抗真菌药物为主。全身用药和局部用药的疗效相似，治愈率均可以达到80%-90%，用药2-3天左右症状可以减轻或者消失。
霉菌性阴道炎的患者初次治疗时，需要进行规范的药物治疗，首选唑类药物，疗效要高于制霉菌素等。局部用药主要包括咪康唑栓、克霉唑栓，以及制霉菌素阴道栓，而全身用药包括氟康唑、伊曲康唑，具体选择何种药物，需要根据当地医院医生所开具的处方，以及药房所含的药品种类来进行选择，一般疗程为7-14天左右。
对于反复发作的霉菌性阴道炎患者，则需要延长治疗时间，同时性伴侣要接受治疗，主要是为了预防女性重复感染。霉菌性阴道炎在进行治疗之前，消除诱因也是一项比较重要的措施，同时需要将使用过的内衣、内裤、毛巾等开水烫洗，避免重复感染。