分泌性的中耳炎主要是由于耳咽管功能的异常以及堵塞，或者是有低毒性的细菌、病毒侵犯到中耳引起的，所以分泌性中耳炎的治疗用药主要是来改善耳咽管的功能。
一般可以使用收缩鼻腔黏膜的滴鼻剂，或者是减轻鼻腔炎症水肿的鼻喷剂，比如麻黄素、地塞米松滴鼻液，或者是辅舒良，可以减轻鼻腔黏膜的水肿，同时也减轻耳咽管、鼻腔后部、鼻咽部开口的黏膜水肿。
同时可以口服激素的药物，减轻耳咽管的黏膜水肿，也可以同时口服一些抗生素的药物进行抗炎治疗。如果分泌性中耳炎有中耳积液，用药治疗没有吸收或者是效果不佳，也可以通过鼓膜穿刺，抽出积液来进行治疗。