单独应用甲硝唑治疗牙周炎效果有限，牙周炎是由于牙周存在了大量的致病的细菌，而且细菌由于是龈下牙石所附着的细菌，所以大部分是厌氧菌。
而甲硝唑作为抗厌氧菌代表性药物，针对于细菌有较好的抑制作用，从这个角度上，甲硝唑对牙周炎是对症的。
但在实际的临床中，想要治疗牙周炎，先应该去除牙周的菌斑以及牙结石，应用龈上洁治联合龈下刮治和根面平整的办法，将牙周的结石彻底去除，并且维护好牙周的卫生，在此基础上再进行药物的治疗，才是治疗牙周炎的根本方法。
如果不去除牙周的菌斑以及结石，应用任何药物治疗都不太有效果。