宝宝支原体感染引起的呼吸道感染临床表现呈多样性，可以从无症状到鼻咽炎、鼻窦炎、中耳炎、咽炎、扁桃体炎、气管支气管炎、细支气管炎、肺炎等。支原体感染可引起儿童和青少年扁桃体炎，长期滞留于鼻咽部及腺样体，可能会造成腺样体增生。支原体感染引起的中耳炎临床表现缺乏特异性，在儿童急性中耳炎中出现β-内酰胺类疗效不佳时，需警惕支原体感染的可能性。
肺炎支原体肺炎的主要临床表现是发热、咳嗽，肺部体征与临床症状及影像学所见常不一致。支原体感染引起的气管支气管炎，咳嗽时间过长要注意合并百日咳。喘息是支原体感染导致细支气管炎的主要表现，婴幼儿肺炎支原体肺炎喘息症状较年长儿明显。重症肺炎支原体肺炎可表现为一般情况下拒食、脱水症、意识障碍、明显气促、发绀、呼吸困难、胸腔积液、气胸、肺不张、肺坏死、肺脓肿，以及肺外并发症等。