支气管扩张需要鉴别的疾病主要为慢性支气管炎、肺脓肿、肺结核、先天性肺囊肿、支气管肺癌和弥漫性泛细支气管炎等，仔细研究病史和临床表现，参考影像学、纤维支气管镜和支气管造影的特征，常可做出明确的鉴别诊断。
慢性支气管炎多在中年以上发病，在气候多变的冬、春季节，咳嗽、咳痰明显，多咳白色痰，感染发作时可以是脓痰，但无反复咯血史，听诊双肺可闻及散在的干湿啰音。肺脓肿起病急，有高热、咳嗽、大量脓臭痰，X线胸片显示局部浓密的炎症阴影，内有空腔、液平。肺结核常有低热、盗汗、乏力、消瘦等结核毒性症状，干湿啰音多局限于上肺，X线胸片和痰结核菌检查可作出诊断。
先天性肺囊肿，X线检查可见多个边界纤细的圆形或椭圆形阴影，壁较薄，周围组织无炎症浸润，胸部CT和支气管造影可协助诊断。弥漫性泛细支气管炎有慢性咳嗽、咳痰，活动时呼吸困难及慢性鼻窦炎，胸片和胸部CT显示弥漫分布的小结节影，大环内酯类抗生素治疗有效。支气管肺癌多见于40岁以上的病人，可伴有咳嗽、咳痰、胸痛、痰中带血，大咯血少见，影像学、痰细胞学、支气管镜等有助于确诊。