通常左半结肠癌和右半结肠癌在临床表现方面不同，所以需要鉴别的疾病也有明显的不同，比如左侧结肠癌的病人需要和痔疮、功能性便秘、慢性细菌性痢疾、血吸虫病、溃疡性结肠炎、克罗恩病、直肠结肠息肉、憩室炎等疾病进行鉴别。如果是右侧结肠癌，应该注意和肠道的阿米巴病、肠结核、血吸虫病、阑尾病变和克罗恩病进行鉴别。
主要进行鉴别诊断的方法就是进行结肠镜检查，直接通过结肠镜可以观察结肠内病变的形态，还可以取组织进行病理检查进一步确诊是不是结肠癌。