艾滋病患者可能会出现头疼，在感染艾滋病的2-4周左右，一部分的感染者会因为HIV在体内复制之后产生相应的临床症状。
在艾滋病期患者可能因为机会性的感染而出现头疼，例如隐球菌脑膜炎、结核性脑膜炎、弓形虫脑病以及各种病毒性脑膜炎等。艾滋病可能会出现头疼，当然这并不是艾滋病所特有的表现。人体感染艾滋病毒之后，在前2-6周会有一个急性的感染期，类似于上呼吸道感染。多数人有发烧、乏力、咽痛等症状，但也有少数患者会出现头痛，甚至是脑膜炎的表现。一般来说，在两三周左右症状会消失，此后就进入到一个很长时间的无症状期。一般8-10年之后患者免疫力受到严重破坏，就进入到艾滋病期。这时会有多种的机会性感染，其中有一些感染，比如真菌、隐球菌的脑炎，也可以引起颅脑的病变，导致头疼。
在艾滋病的发病期，由于严重损伤了自身的免疫系统，有可能会破坏神经系统，破坏血脑屏障，而引起神经性或血管性头痛。