脊髓空洞症手术有不同的方式，要根据检查状况进行选择。如果存在颈部脊髓空洞，绝大多数是颅颈交界处畸形引起，有颅底凹陷或者扁平颅底。
首先进行磁共振检查，如果检查是这个原因导致需要做后颅窝减压、硬脑膜扩大修补，手术需要俯卧位，在后枕的中央位置做直切口将后颅窝的骨质咬除，并且切开硬脑膜以后用人工硬脑膜进行修补和扩大修补，能够减轻和解除压迫，从而使空洞减轻和消失。
如果没有畸形，单纯的脊髓空洞症有两种手术方式：一个是空洞的分流手术；另一个是造瘘手术。采用后正中切口，打开椎管以后在脊髓后方正中央位置做纵形切口，需要0.8-1cm左右，可以放置引流管，将空洞跟蛛网膜下腔进行沟通，称为分流手术；将切开以后不放置引流管的手术方式称为造瘘手术。