治疗口腔扁平苔藓的方法主要还是应用药物治疗。全身应用药物，包括免疫抑制剂，比如口服肾上腺皮质激素、雷公藤、昆明山海棠、氯喹；除了免疫抑制剂，也可以应用免疫调节剂，包括胸腺肽、左旋咪唑或者转移因子。因为目前考虑免疫因素导致的口腔扁平苔藓是大部分，所以在临床上治疗口腔扁平苔藓也主要是应用免疫类的药物。现在也有中医中药治疗扁平苔藓的，主要是调养身体，增强免疫，也可以考虑。