肾脏结石积水导致肾脏萎缩，处理办法：
1、如果进行肾功能测定，GFR大于10%以上，建议进行肾脏结石手术治疗，并给予输尿管支架管持续引流，将积水引流，肾脏结石不再积水，对肾实质的压迫减轻，肾脏不会再发生继发性的萎缩。这时肾功能可以逐渐有所恢复，但不能恢复至正常的水平，只能保证不再进一步的受到损害。
2、如果GFR测定小于10%以下，CT上肾实质的厚度小于5mm以下，无需进行保肾治疗。建议连同肾脏结石积水及萎缩肾一并进行切除治疗，切除前一定要保证对侧肾脏的GFR大于40%以上。
3、如果患者是一个独肾或者只存在有单侧的肾脏，即便出现了肾功能不全，还需要进行保肾治疗，术后建议给予维持透析治疗。建议给予维持透析治疗。