会厌囊肿要通过手术进行切除，但是并没有所谓的最佳时间。因为会阴囊肿如果是非常小的，又没有任何症状的情况下是可以暂时不切除的，做到定期随访就可以。有的囊肿可能长得非常的缓慢，甚至长期不增大，就可以暂时不手术。
当会厌囊肿非常大，影响到咽部有症状的时候，比如有咽部异物感，影响到进食，导致呛咳，甚至有的大到影响到呼吸，导致呼吸困难，就需要及时进行手术。这种情况可以通过全麻在支撑喉镜下进行会厌囊肿的切除，可以使用二氧化碳激光切除或者是等离子切除等各种方式，都是可以完整切除囊肿的。