非那雄胺的副作用对于男性50-60岁的病人来说它可以影响勃起功能，由于非那雄胺作用于5α-还原酶抑制剂，可以抑制睾酮向双氢睾酮转化。双氢睾酮是活性更强的雄激素，它可以维持男性性征。
长期用非那雄胺的男性病人，一部分会出现勃起功能障碍、性欲降低，甚至出现乳房女性化。
非那雄胺还可以引起局部过敏反应，少数病人会出现口唇肿胀，少数病人还会出现睾丸疼痛症状。非那雄胺由于可以降低血清PSA值50%，所以对于前列腺癌的筛查有掩盖作用，在临床评估服用非那雄胺病人的PSA值时要考虑到非那雄胺对PSA的影响。