少儿自闭症的治疗主要是以教育干预为主，以药物治疗为辅。因为自闭症的患者存在有多方面的发育障碍以及情绪行为异常，所以医生要根据患儿的具体情况，采用教育干预、行为纠正以及药物治疗相结合的一个综合干预的办法。
其中教育干预主要包括一些家庭方面的还有医院方面的，主要针对于孩子自闭症的一些核心的症状，包括促进孩子的身体发育，提高孩子的智能，促进孩子的生活治理能力和社会适应能力这些方面的训练。如果孩子症状比较轻微可以选择康复学校进行。对于重症的患儿，早期的时候要选择一对一的治疗。
此外，还要根据孩子所含有的其他特殊的情绪或者是行为异常，给予选择特殊的药物治疗，比如孩子有多动症就要选择多动症的药物，如果孩子有抑郁症就要选择抗抑郁的药物治疗。