不同的卵巢囊肿形成机制是不一样的，卵巢囊肿的种类不同，临床上较为常见的有卵巢生理性囊肿、卵巢子宫内膜异位囊肿，也就是平时所说的卵巢巧克力囊肿，还有卵巢炎性囊肿。卵巢上皮性肿瘤中的浆液性囊腺瘤和黏液性囊腺瘤，也是在超声检查下显示为卵巢的囊性肿物。对于卵巢的生理性囊肿来，是由于卵巢在不同时期分泌的激素不同所导致的，一般发生在排卵期以后形成黄体囊肿，大多在2-3个月经周期之后进行复查时囊肿自行消失。
卵巢子宫内膜异位囊肿是女性盆腔子宫内膜异位症的一种表现形式，是由于经血长期逆流进盆腔，在卵巢组织有经血的残留，导致局部的囊肿形成。每一次的月经来潮都会有部分的经血进入到囊内，导致卵巢囊肿逐渐增大。而卵巢的炎性囊肿，则是由于慢性盆腔炎的粘连、包裹所形成的。