细菌性阴道炎是由于阴道内的正常菌群紊乱所导致的阴道炎症，由于阴道内的菌群紊乱，导致产生过氧化氢的乳酸杆菌减少。而且其他的大量微生物繁殖，主要是以加德纳菌等厌氧菌感染为主。随着这些微生物的繁殖及代谢产物，可以使阴道分泌物发生化学改变，pH值升高，氨类产物增加有机酸，以及酶类也增加。氨类产物可以使阴道分泌物增多，并有臭味，酶和有机酸可以破坏宿主的防御机制，比如溶解宫颈黏液，促进微生物上行，进入上生殖道而引起炎症。
微生物群发生改变的机制，目前并不十分清楚，可能和多个性伴侣频繁性交，以及阴道盥洗或使用阴道碱化液等有关。碱性的环境不利于乳酸杆菌的黏附和生长，而有利于加德纳菌等厌氧菌的生长，从而引起细菌性阴道炎。所以细菌性阴道炎多发生在性活跃期的女性，症状表现为阴道分泌物增多，伴有鱼腥臭味，性交以后加重，可有轻度的外阴瘙痒和烧灼感。