对于新生儿的鹅口疮，最佳治疗方法是进行密切的观察，一般新生儿的鹅口疮能够自愈，不需要特殊的治疗。如果有加重或者病情较重时，也可以应用制霉菌素的溶液，进行病变表面的涂抹，抗念珠菌治疗。
但是一般对于新生儿，鹅口疮的症状并不明显，全身的反应一般比较轻，尽量不做一些治疗最好，因为一般都能够自愈。除非在必要的时候，才用局部的药物进行治疗。