肾囊肿穿刺抽液治疗是过去比较常用的方法，尤其是在B超引导下的肾囊肿穿刺治疗是比较常用的方法。肾囊肿穿刺要打麻药，多是在局麻下进行的，所以不会很疼，可以耐受。现在此方法已经不作为主流的治疗方式，临床上也不太建议做。
主要原因是肾囊肿穿刺后，把囊液抽出后可能会复发，也会重新积聚。另外，肾囊肿穿刺抽液后可能要打无水酒精，使用无水酒精试图使肾囊壁进行变性，变性后可能会减少复发的可能性，但现在也不建议这么做。
因为有一定的复发率，另外可能会导致无菌性炎症、感染等，反而得不偿失。不建议肾囊肿患者做穿刺抽液，除非极个别的情况、极端的情况，也不能做手术，但是压迫症状又比较明显，临时采取上述措施是可以的。