肛瘘大多数情况不需要手术治疗，主要治疗手段是通过用药达到止血、止痛的作用。
药物上的有软化大便的药物，比如肠道益生菌或者润肠通便的药物，还有对于痔疮的药物，比如用相应的止痛的药物，减少疼痛和便秘的恶性循环。由于肛裂有物理伤口，可以用促进愈合的药物，加速破裂伤口的愈合。
还有可以用缓解括约肌痉挛的药物，减轻肛门张力，利于大便的排出。具体用什么药还是采用手术方式，最好由医生来决定。