新生儿腭裂手术在新生儿期不需要立即进行手术修补，因为腭裂手术的目的是恢复孩子饮食和言语的功能，所以一般在生后的一岁之后，或2-3岁的时候手术最合适，因为此时期是小儿开始学习发音和语言的时间，腭裂修补术后可以及早发挥正常的功能，建立正常的发音习惯。
如果手术过早，婴儿的口腔相对比较狭窄，手术操作困难，而且腭部组织菲薄，不宜缝合，所以一般在生后一周岁以后可以进行手术。如果手术风险比较高，有时可以在年龄较大的时候，如生后4-5岁也可以，但是此时术后要进行长期的发音和语言训练，才能获得较好的发音功能。