鼻窦炎的要和鼻炎鉴别，鼻炎和鼻窦炎的症状的是比较类似的，一般鼻窦炎的症状会比鼻炎要重，可能会有严重的鼻塞、大量的脓鼻涕，并伴有头痛等，可以通过CT来明确是否有鼻窦炎。
如果鼻窦炎有头痛，还要和神经性的偏头痛、血管性偏头痛以及颅内的病变，比如说脑部的肿瘤、脑脓肿、脑膜炎相鉴别。
还有如果鼻塞严重的话也要和鼻腔的新生物相鉴别，比如说鼻腔的息肉、内翻性乳头状瘤、鼻腔的肿瘤等。特别是某些特殊类型的鼻窦炎，比如说侵袭性的霉菌病，可能会有周围的骨质破坏，更要与肿瘤相鉴别。