咽峡炎的治疗分两部分：一、病因治疗；二、对症治疗。
一、病因治疗中引起咽峡炎的病原菌分为以下几种：
1、病毒感染的咽峡炎，可给予抗病毒口服液，和抗病毒的静脉输液的药物进行治疗。
2、细菌感染的咽峡炎，可给予头孢和青霉素类的消炎药物进行治疗。
3、支原体或衣原体感染的咽峡炎，可给予大环内酯类抗生素进行治疗，如阿奇霉素等。
二、对症治疗根据咽颊炎的症状，通常有发热和咽痛等表现，发热低于38℃给予物理降温，多喝水，配合温热水擦拭的方式进行治疗；大于等于38.5℃的体温，给予口服退热药物的同时，配合物理降温进行治疗。
咽痛可给予开喉剑喷剂和利巴韦林的喷剂等药物进行，咽部反复多次的进行喷药，可明显缓解咽痛的症状，疾病期间一定要多喝水。