小三阳的患者有一部分可以实现自然阴转，阴转的几率取决于乙肝病毒是急性感染，还是慢性感染，另外也取决于感染乙肝病毒的年龄段。如果是围生期感染，比如母婴传播导致的感染，这种自然阴转的几率比较低，大约在10%。如果是在婴幼儿期引起的感染，大约70%-75%可以清除乙肝病毒，达到自然阴转。如果是成年人感染乙肝病毒，90%-95%的患者可以清除乙肝病毒，达到自然阴转，转为慢性的是极少数的患者。
如果是慢性的乙肝病毒感染，这种情况下实现自然阴转的几率极为减少，大约每年有0.1%-1%的患者可以实现自然阴转，这时小三阳实现自然阴转的几率非常低。如果患者需要进行抗病毒治疗，通过抗病毒治疗之后，有一部分患者可以实现阴转，这是在药物治疗下达到的病情好转或者临床的治愈，不属于自然阴转。