A群流脑疫苗免费和自费的区别并不是很大，具体区别如下：
一、制作工艺不同：免费疫苗多数是国产疫苗，而自费疫苗大多数是进口疫苗，制作工艺并不完全相同，但是无论是免费疫苗，还是自费疫苗，都能够起到针对流行性脑脊髓膜炎的预防作用。只不过疫苗制作过程当中进行减毒，灭活的手段可能会有所差别。
二、接种的时间不同：免费疫苗一般在孩子六个月之后可以接种，间隔三个月接种第二针。自费疫苗需要在宝宝三周岁的时候才能够接种，间隔三个月接种第二针。
这两种疫苗对于A群流行性脑脊髓膜炎的预防作用，没有太大区别。