甲状腺肿瘤的发病原因，目前还不是非常清楚。在甲状腺肿瘤当中，甲状腺恶性肿瘤中的髓样癌和家族遗传性具有一定的关系，而部分未分化癌可能是来自分化型乳头状腺癌和滤泡状癌，有一些甲状腺的恶性淋巴瘤可能是某种甲状腺炎的恶变。近年有研究发现，经常暴露在放射线之下，患有甲状腺肿瘤的几率会明显增加。
此外，凡是能够促使甲状腺滤泡细胞生长的因素，包括甲状腺腺叶切除、碘缺乏和抗甲状腺药物等，都是甲状腺肿瘤的致病因子。所以在日常生活和工作当中，要尽量避免上述刺激甲状腺肿瘤发生的因素。