宝宝唇裂的病因目前并不是特别明确，现认为它的发病主要与遗传因素和环境因素有关系。遗传因素主要表现为唇裂的发病具有明显的家族聚集性，就是唇裂的患者，他的直系以及旁系亲属当中也会出现类似的情况。
此外，还有环境因素影响，比如妈妈在孕早期接触了有害的环境因素、服用了特殊的药物或者是缺乏营养物质，在孕早期的时候接触特殊的病毒引起病毒感染，或者是有吸烟、酗酒的不良习惯。此外，还有一部分职业有害因素暴露，也可以导致孩子出现唇裂。