根据2019版最新的乙肝小三阳抗病毒治疗标准，只要乙肝小三阳的患者有肝功能的异常、肝炎的发作，并且是由乙肝病毒引起的，就需要进行抗病毒治疗。
另外如果小三阳携带者已经出现两级以上的肝纤维化或者肝硬化，甚至肝癌，就需要终身口服抗病毒药物进行治疗。除此之外如果有肝癌的家族史，建议30岁以上的人群也进行抗病毒治疗。
一线的抗病毒药物，包括恩替卡韦及替诺福韦、丙酚替诺福韦，能够有效的抑制乙肝病毒的复制，延缓肝纤维化、肝硬化的发展，并且降低肝癌的发生概率。