双氯芬酸钠最常见的副作用是胃肠道反应，大约1/10的患者服用双氯芬酸钠后会出现消化道反应，轻症表现为胃痛、反酸、恶心、食欲差，严重的可能会诱发或加重胃溃疡，甚至导致胃出血、胃穿孔，严重副作用的发生率在老年患者中较高。
双氯芬酸钠还可能引起过敏，常表现为皮疹或哮喘，如果既往对阿司匹林过敏的患者服用双氯芬酸钠，也很可能出现过敏的现象。双氯芬酸钠属于非甾体类解热、镇痛、抗炎药，以上两个副作用是此类药物共有的副作用。
因此患者应避免应用两种或两种以上的非甾体抗炎药，以免加重副作用。