黄体囊肿大多是生理性囊肿，一般都会自己消失。黄体囊肿多见于两种情况，一种是女性黄体期出现的月经黄体囊肿，另一种是女性早孕期间见到的女性黄体囊肿，多用以维持妊娠。
黄体是女性卵泡发育成熟以后，成熟卵泡排出卵子，剩余成熟卵泡结构在女性卵巢内就会包裹形成黄体，为卵巢的一个重要结构，是排卵以后所形成。黄体在排卵以后形成，之后逐渐增大，黄体主要功能为分泌雌激素和孕激素。黄体逐渐增大，在排卵后第7-8天，黄体体积达到最大，就有可能在B超下面看到黄体囊肿。如果精子和卵子没有相遇，没有形成受精卵，黄体就会萎缩退化，黄体囊肿就会逐渐消失。如果精子和卵子相遇形成受精卵，黄体多会继续增大，黄体囊肿会持续存在。所以在早孕妇女当中经常会看到黄体囊肿，即卵巢内有囊肿，一般都是生理性囊肿。在妊娠三个月以后胎盘发育，分泌雌激素和孕激素代替卵巢功能，此时黄体囊肿功能就可以退居二线，黄体囊肿就会逐渐消失。