肾囊肿手术不是大手术，肾囊肿可以通过微创手术或者肾囊肿穿刺、抽液无水乙醇硬化术治疗。微创手术是在腹腔镜下进行肾囊肿去顶减压术，目前医学上更倾向于肾囊肿穿刺、抽液无水乙醇硬化术，因为创伤更小。若临床上出现腰痛腰胀肾囊肿，体积变大，大于5×5cm，肾囊肿的位置在肾脏的表面或者下级可以在彩超定位下穿刺针进行肾囊肿穿刺、抽液，并无水乙醇硬化肾囊肿上皮细胞，使肾囊肿闭合，防止肾囊肿复发。
若肾囊肿在肾脏的内部或者肾脏的上极，建议行微创手术，肾囊肿去顶减压术。肾囊肿拿目前无药物治疗，肾囊肿是一种良性病变，一般不会引起恶变、高血压、肾功能衰竭。肾囊肿肾小管憩室形成，随着年龄的增长，肾囊肿逐渐变多形成肾多发囊肿，这时候就要和多囊肾进行鉴别，可以通过肾脏CT或者磁共振进行排查。