目前灰指甲也就是甲真菌病的治疗，常用的是规范口服抗真菌药物治疗。灰指甲也称为甲癣或甲真菌病，是指真菌感染甲板或甲下引起的疾病，甲真菌病由于甲板的角化，药物不易透入，一直是治疗的难点，近年来由于唑类药物、丙烯胺类药物的问世，甲癣的治疗有了很大的进展。甲癣的治疗可以口服、外用药物或手术拔甲，目前用的比较多的是口服和外用药物治疗甲真菌病，手指甲和脚指甲的生长速度不同，完全替换一个新的指甲，手指甲需要100天，而脚趾甲大约需要300天，所以治疗灰指甲必须要有耐心。
口服药物目前常用的有特比萘芬片、伊曲康唑或氟康唑。口服抗真菌药可以治疗80%以上的甲真菌病，但因为这类药物必须达到真菌所寄生的甲板处，才能发挥抗菌作用，用药量大、用药时间长，应定期监测药物不良反应。目前常用的治疗灰指甲的外用药有特比萘芬酊、阿莫罗芬搽剂、环吡酮胺酮甲涂剂等，配合口服药，可以取得非常好的甲真菌病的治疗疗效。