以往治疗丙型肝炎都是应用干扰素、利巴比林进行治疗。干扰素和利巴韦林都有一定的副反应，而且干扰素是通过注射给药，目前已经发明了小分子直接抗病毒的药物，给药方便、疗效更好，口服给药就可以。这些药物根据作用的靶位不同，可以分作蛋白酶抑制剂、NS5A抑制剂、NS5B聚合酶抑制剂，具体如下：
1、蛋白酶抑制剂：如艾尔巴韦、格卡瑞韦、阿舒瑞韦等，还有伏西瑞韦。
2、NS5A抑制剂：如维帕他韦、达卡他韦。
3、NS5B聚合酶抑制剂：如索磷布韦。
这些药物疗效都很好，但是由于个体差异，没有所谓的最好、最有效的药物，要在医生的指导下，根据个人的情况选择适宜的药物进行治疗。临床上还要根据典型肝炎的基因分型、是否合并肝硬化，以及是初治患者还是经治患者，来选择不同的药物治疗。