慢性萎缩性胃炎中医治疗主要是辨病、辨证治疗，结合患者的舌脉症状，四诊合参个体化诊疗，同时也要结合患者的胃镜检查、病理检查结果，因为胃镜检查也是中医传统望诊的延伸，所以现在也很重视这方面对于辨证的指导。
可以根据不同的症状，如有些患者会有两胁胀痛、胃脘痞闷不舒、急躁易怒，舌头表示淡红色、舌苔是薄的、脉是悬的，这类患者就认为是有肝气郁结，可以采用柴胡疏肝散加减治疗。
有些患者会有胃脘的脾胀、乏力、怕凉、大便溏稀，舌头比较淡，舌苔是薄白的，甚至于白腻的，脉是沉的、细的，这种情况一般都认为它是属于脾胃虚弱，可以用六君子汤加减。
萎缩性胃炎病程比较长，在疾病的发展过程中，它的证型也会有所变化，如在早期可能是以肝气不足、肝气瘀滞、脾胃虚弱为主，可能到晚期就会夹杂痰湿，很多患者可以有两个证型，甚至三个证型，也会有各种病理的因素，痰瘀气滞这些都有可能兼夹。
所以有萎缩性胃炎的患者，如果要追求中医治疗，一定要到正规的专科医院治疗，不可以盲目用药。