慢性胃炎伴糜烂的药物治疗选择抑酸药联合促进胃黏膜修复的药物，如可以口服奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑等质子泵抑制剂，联合康复新液治疗慢性胃炎伴糜烂，效果比较理想。
如果患者有取病理检查，要结合病理检查的结果来给予用药。如果是慢性萎缩性胃炎，需要以护胃药物治疗为主，也就是保护胃黏膜治疗为主。要慎用抑酸的药，不可以长期使用抑制胃酸分泌的药物。
如果是由于幽门螺杆菌感染引起的慢性胃炎伴糜烂，需要在消化内科医生的指导下给予根除幽门螺杆菌治疗。目前推荐的是四联疗法，PPI加铋剂两种抗生素。