肛窦是位于直肠肛管附近的正常解剖结构，由于结构的特殊性，肛窦部位很容易有大便积存，而且肛窦的解剖角度很容易形成局部损伤。因此，在损伤的基础上，由于有大便的存在，很容易让炎症持续存在，便是肛窦炎的形成基础。
如果肛窦炎治疗不及时，有些患者会发展为肛瘘。当出现肛窦炎的时候，首先还是要控制饮食，保持大便通畅，并减少辣椒、酒精等刺激性食物的摄入，对于减轻肠道的功能负荷是非常重要的。在肛窦炎治疗过程中，适当抗生素使用，以及相应的痔疮类药物配合，是提早治愈肛窦炎的重要手段。