长期上夜班对人体的危害相当大，会造成植物神经功能紊乱，因为昼夜的不规律和昼夜的节律失调，造成神经功能失调的情况。
因为上夜班的时候属于一种生物钟紊乱的情况，在夜间需要休息和睡眠的时候在工作，如果长时间处于这种状态，即使白天的睡眠时间和时相足够，但是也打破了人体正常的生物钟，会造成明显的植物神经功能失调的情况。
严重者还会对内分泌造成一定的影响，会使女性出现月经失调，男性会出现焦虑、焦躁等情况发生。长期值夜班，会出现消化系统的消化和吸收功能失调，会出现明显的厌食等情况。