先天性巨结肠，主要的症状是胎便的排出延迟，粪便会淤积在肠内，使结肠肥厚、扩张，腹部可以出现宽大的肠型，有时可能摸到充满粪便的肠襻，还有营养不良、发育迟缓。长期的腹胀和便秘可使患儿食欲下降，影响营养的吸收，造成患儿消瘦、贫血，发育也明显差于正常的同龄儿童。
另外，巨结肠容易伴发小肠结肠炎，尤其是新生儿时期，患儿全身情况突然恶化，腹胀严重、呕吐、腹泻并可以产生脱水、酸中毒。如果治疗不及时，常常会有较高的死亡率。因此，当婴儿出现消化不良以及发育明显变弱时，应及时到医院就诊。通过外科手术或者一些保守疗法，能在一定程度上缓解巨结肠的相关症状。